ВСЖД традиционно уделяет повышенное внимание вопросам природоохранной деятельности и повышению экокультуры на предприятиях железной дороги. Ежегодно в границах магистрали на территории Иркутской области и Республики Бурятия реализуются мероприятия по защите природы, созданию и внедрению инновационных, экологически безопасных, ресурсосберегающих технологий.
В 2021 году на 10 станциях и остановочных пунктах Кругобайкальской железной дороги были установлены площадки для раздельного сбора мусора. Контейнеры позволяют отдельно утилизировать предметы, пригодные для вторичной переработки - бумагу, стекло и пластик. Для заготовки вторсырья, собранного из мусора на станциях исторической магистрали, был приобретен специальный гидравлический пресс, который расположен на станции Култук.
Ассоциация «Байкал без пластика» выступает за незамедлительную разработку комплекса мер по выводу из оборота одноразовой пластиковой продукции в центральной экологической зоне Байкальской природной территории, обеспечение прибайкальских регионов инфраструктурой раздельного сбора отходов и развитие системы рециклинга, распространение экологической культуры среди населения и туристов.
Ассоциация была запущена 20 мая 2022 года. Ее участниками стали представители бизнеса, НКО, государственных и образовательных учреждений, среди которых En+ Group промышленника Олега Дерипаски, РТ-НЭО Иркутск, Сбербанк, сеть супермаркетов «Слата», Гранд Байкал, Иркутский Государственный Университет (ИГУ), Центр развития Байкальского региона (БАЙКАЛ.ЦЕНТР), ФГБУ «Байкальский Заповедник», ФГБУ «Заповедное Прибайкалье» и благотворительный фонд «Подари планете жизнь».